Allora aspetta un momento, mi pare che ci sia parecchia confusione, fai in questo modo, smonta completamente il motore di E, quello che spinge il filo, poi stacca il cavo dal motore di Y e attaccalo al motore di E che hai in mano, adesso fai muovere il motore di Y dal pannello LCD, se il motore gira abbiamo cominciato ad escludere una cosa.
A questo punto prendi il cavo di Y, lo stacchi dalla scheda madre e lo colleghi al connettore della scheda su E, porta in temperatura l'hotend e poi prova a far girare E, sempre da pannello LCD e con il motore in mano, se non gira si è bruciato il driver della scheda, che essendo integrato ti costringe in questo caso a cambiarla. Adesso si che ha senso passare ad un SKR se già ce l'hai. Prima non ha senso fare il cambio.
Ho letto tutto il post e non ho assolutamente capito se queste prove le hai fatte o meno.