La formattazione (FAT) della SD non è stata una cattiva idea però mi fa comunque strano. Se hai modo di collegarla al pc io proverei, cosi, per puro test, a resettare i settaggi dell'eeprom con repetier.
Manderei i comandi: 501 e 502 per poi salvare tutto con 500. Praticamente, facendo cosi, ripristini l'eeprom ai settaggi di fabbrica.
In ogni caso, se la cosa si ripete conviene contattare l'assistenza.