No tu devi verificare l'integrita' del file, generi il gcode, fai un MD5 SUM, lo "mandi alla stampante", ri esegui l'MD5 sulla stampante e ti assicuri che si uguale. Oppure dopo averlo caricato sulla stampante lo scarichi, gcode, di nuovo sul PC e fai l'MD5 per vedere che non sia "corrotta qualche riga".
Allora hai l'asse Z che perde degli steps.
1. Meccanica / cinematica: guarda se lo fa sempre alla stessa altezza
2. Elettronica: motori
3. Software, come detto c'e' una minore possibilita' che il file gcode si sia deteriorato e la stampante salti delle "righe", poi avrai dei problemi di estrusione...
Lo hai fatto questo?