ok posta qui il file stl che gli do un'occhiata, perchè se la parte meccanica è apposto allora il problema deve essere nel file, e vedo che invece lo skirt lo fa bene
altra cosa, dopo che hai rimesso apposto i valori hai salvato con M500?
ricollegala con pronterface e dai di nuovo M503, controlliamo che i parametri che hai modificato li abbia effettivamente presi.
E già che ci sei posta qui anche le prime 20/30 righe del file .gcode che ha generato il tuo slicer