End stop z non è semplice calibrarlo perfettamente, devi fare diverse prove e bestemmie prima di trovare il setup ideale, è molto importante perché se lo calibri male e ci stampi per diverso tempo, il bed alla fine prende quella piega e non gli fai più niente, il vetro aiuta se è un 4mm di spessore, ma ha sua volta un po appesantisce il bed, se tutto è fatto a modo il piano si calibra perfettamente, è vedrai che tutti e 4 i punti torneranno precisi.
Nel tuo caso è molto probabile che sia difettoso il bed non sei l'unico possessore di una ender 3 che incappa in questi problemi, anzi forze l'unica nota stonata nella ender 3 è propio il piano, molti utenti se ne lamentano.