Concordo con @eaman, dopo tutto lo sbatti che hai fatto, mollare adesso e' peccato.... alla fine stiamo parlando di sw e meccanica, se i singoli conponenti fanno il loro lavoro, dovrebbero farlo anche tutti assieme. Tornando alla mia esperienza, io ho stravolto la stampante e ha funzionato. Tu hai sostituito la scheda e la SBC quindi nn hai fatto cambiamanti astronomici.
Io proverei a scrivere un semplice gcode che fa homing del tool head, fa abbassare il piatto di 50mm ed estrudere 100mm di filamento. Non devi per forza stampare nulla. Se tutto funziona, modifica il gcode in modo da fargli fare un movimento (es un quadrato o una traiettoria in diagonale) mentre estrude, cosi' da testare estrusione e movimento assime